Stationiert in/Ort	12.38 - 12.39: Kiel
Befehlshaber:	12.38 - 12.39: Korvkpt. Hans-Rudolf Rösing	Wappen
Anzahl der zugeteilten Boote:	6	Bootsliste
zugeteilte Bootstypen:	Typ II C
Verwendung:	Frontflottille

Geschichte der Flottille:
Die 5. Unterseeflottille wurde im Dezember 38 mit dem Namen Unterseebootsflottille Emsmann, unter dem Kommando von Korvettekapitän Hans-Rudolf Rösing, in Dienst gestellt. Im Dezember 39 wurde sie aufgelöst und die 6 bestehenden Boote wurde der 1. Unterseebootsflottille unterstellt.

Im Juni 41 wurde erneut eine 5. Unterseebootsflottille in Kiel gegründet, allerdings diente diese als Schulflottille.